第２次補正予算で措置された医療機関・薬局等における感染拡大防止等支援事業（補助金）の税務処理に関して
２０２１年２月４日
全国保険医団体連合会 経営税務部事務局
第２次補正予算で医療機関への支援として、感染防止や感染防止に取り組みながら日常診療を維持する経費について、診療所（医科・歯科）には、上限１００万円の補助金が交付されています。
２０２０年度の確定申告も間近に迫り、協会・医会への問い合わせも増えています。そこで、現状で保団連が国税庁から得ている回答をもとに、税務処理に関してご案内します。
保団連では、補助金の税務処理に関して、国税庁に照会するとともに、簡便な税務処理を要請してきました。税理士によって見解が異なるという相談も協会より寄せられており、国税庁には、医療現場が混乱しないよう、ＦＡＱなどで周知徹底することを求めているところです。
Ｑ：補助金は課税対象ですか？
Ａ：今回の補助金は、課税対象となります。
保団連では、今回の補助金の趣旨に即し、新型コロナウイルス関連の各種補助金・給付金などの「非課税」取り扱いを求めています。
Ｑ：補助金（例：１００万円）が２０２０年１２月末までに入金済で、２０２０年１２月末までに全額を使い切った場合の記帳はどうなりますか？
Ａ：収入は、「仮受金」１００万円で計上します。
基本的に、経費が発生した際、両建てで「仮受金」を「雑収入」にします。
〈補助金収入時〉
（借方）現金（または入金口座）１００万円 ／（貸方）仮受金１００万円
〈補助金の対象に該当する経費の支出があった時〉
（借方）仮受金１００万円 ／（貸方）雑収入１００万円
（借方）経費１００万円 ／（貸方）現金（または支払口座）１００万円
Ｑ：補助金（例：１００万円）が２０２０年１２月末までに入金済で、２０２０年１２月末までに一部（例：５０万円）を使った場合の記帳はどうなりますか？
Ａ：年度をまたがった場合は、経費を使った時に「仮受金」を「雑収入」にします。
〈補助金収入時〉
（借方）現金（または入金口座）１００万円 ／（貸方）仮受金１００万円
〈補助金対象経費５０万円が発生した時〉
（借方）仮受金１００万円 ／（貸方）雑収入５０万円
（借方）経費５０万円 ／（貸方）現金（または支払口座）５０万円
※厚労省から出されたＱ＆Ａで幅広い日常経費も含んだ備品などが対象経費と認められたため、１００万円を雑収入とし、１００万円を経費として年度をまたがず、処理する方法が簡便です。
〈２０２１年１月から３月の間に残りの補助金（５０万円）の対象に該当する支出があった時〉
（借方）仮受金５０万円 ／（貸方）雑収入５０万円
（借方）経費５０万円 ／（貸方）現金（または支払口座）５０万円
Ｑ:２０２０年１２月に補助金を申請し、１００万円（医科・歯科無床診の場合）の入金が２０２１年１月の場合は？
Ａ：２０２０年４月１日から１２月３１日までに補助金に該当する支出をした場合は、その分の収入の見積りを行い、２０２０年１２月３１日の収入に計上します。
例：２０２０年４月１日から１２月３１日までの補助金対象経費の支出が７０万円の場合
〈補助金を申請した後〉
（借方）未収金（見積り計上）７０万円／（貸方）雑収入７０万円
〈２０２１年１月に通知、もしくは入金されたら（通知もしくは入金で早い方）〉
（借方）現金（または入金口座）１００万円 ／ （貸方）未収金７０万円
（貸方）仮受金３０万円
〈２０２１年１月から３月の間に補助金の対象に該当する支出があった場合〉
（借方）仮受金３０万円 ／（貸方）雑収入３０万円
Ｑ：固定資産（１０万円以上）を購入した場合は？
Ａ：「国庫補助金等の総収入金額不算入」（所得税法第42条）の規定を適用します。この規定を適用した場合には、補助金は総収入金額に算入されません。
また、取得した減価償却資産の取得価額は総収入金額に算入されない金額を控除した金額となります。なお、「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」（別紙・記入例もご参照ください）の提出が必要です。
〈補助金収入時〉
（借方）預金５０万円／（貸方）仮受金（事業主借）５０万円
〈減価償却資産取得時〉
（借方）器具備品５０万円／（貸方）預金５０万円
〈いわゆる圧縮記帳〉
（借方）仮受金（事業主貸）５０万円／（貸方）器具備品５０万円
